Thảm thực vật
Có hai kiểu thảm thực vật chính:
Kiểu rừng kín thường xanh mưa ẩm á nhiệt đới núi trung bình. Phân bố ở độ cao so với mực nước biển từ 900 m, 1.000 m đến 1.600 m. Thực vật đặc trưng cho kiểu rừng này gồm các họ thực vật: họ Thông (Pinaceae), họ Hoàng đàn (Cupressaceae), họ Kim giao (Podocarpaceae), họ Dẻ (Fagaceae), họ Re (Lauraceae), họ Đỗ quyên (Ericaceae), họ Hồi (Illigeraceae), họ Chè (Theaceae)…
Kiểu rừng kín lá rộng thường xanh mưa mùa nhiệt đới núi thấp. Phân bố ở độ cao so với mực nước biển dưới 900 m, 1.000 m. Đặc trưng thành phần thực vật cho kiểu rừng này gồm những loài trong các họ: họ Dầu (Dipterocarpaceae), họ Đào lộn hột (Anacardiaceae), họ Trám (Burseraceae), , họ Cà phê (Rubiaceae), họ Sến (Sapodaceae), họ Bứa (Clusiaceae), họ Thầu dầu (Euphorbiaceae), họ Xoan (Meliaceae), họ Dâu tằm (Moraceae)…
Về hệ thực vật rừng
Thể hiện tính phong phú và đa dạng về thành phần loài thực vật và giá trị thể hiện như sau:
- Về giá trị đa dạng sinh học: Kết quả điều tra, thống kê chưa đầy đủ, thực vật Khu bảo tồn thiên nhiên Hòn Bà có trên 1.600 loài thuộc 468 chi và 120 họ.
- Đa dạng về yếu tố đặc hữu:
+ Loài đặc hữu khu vực Lâm Đồng - Khánh Hòa: Thông 2 lá dẹt (Pinus krempfii)
+ Các loài mang địa danh Nha Trang: Dây móc mèo (Caesalpinia nhatrangensis), Ngọc nữ Nha Trang (Clerodendron nhatrangensis), Thị Nha Trang (Diospyros nhatrangensis), Sộp Nha Trang (Ficus stenophylla var. nhatrangensis), Dẻ gai Nha Trang (Castanopsis nhatrangensis), Đa hương Nha Trang (Polyosma nhatrangensis), Đỗ quyên Nha Trang (Rhododendron nhatrangensis).
+ Các loài mang địa danh Hòn Bà: Bùi Hòn Bà (Ilex honbaensis), Sồi Hòn Bà (Lithocarpus honbaensis), Minh điền Hòn Bà (Medinilla honbaensis), Đỗ quyên Hòn Bà (Rhododendron honbanianum), Nam tinh Hòn Bà (Ariseama honbaense), Nhẵn diệp Hòn Bà (Liparis honbaensis), Tam thụ hùng Hòn Bà (Trigonostemon honbaensis), Tỏi rừng Hòn Bà (Aspidistra truongii)…
+ Các loài mang tên Yersin: Trương hùng (Reevesia yersinii), Chè Hòn Bà (Thea yersinii)…
+ Loài được chính bác sĩ Yersin đặt tên: Đỗ quyên rạng rỡ (Rhodendron triumphas).
- Giá trị về khoa học: Hệ thực vật Khu BTTN Hòn Bà có tổng số 51 loài quý hiếm. Trong đó 9 loài ở phân hạng đang nguy cấp (E) như Trắc dây trung bộ (Dalbergia annamensis), Gõ đỏ (Afzelia xylocarpa), Kim tuyến (Arvectochilus setaceus); 14 loài ở phân hạng sẽ nguy cấp (V) như Sơn huyết (Melannorrhoea laccifera), Kim giao (Nageia fleuryi), Tuế lá xẻ (Cycas micholitzii), Vàng tâm (Manglietia fordiana); 7 loài ở mức hiếm (R) như Thông lá dẹt (Pinus krempfi), Ổ kiến (Hydnophyllum formicarum), Vù hương (Cinnamomum balansae)…; 15 loài ở phân hạng T và 20 loài ở phân hạng K. Theo Nghị định 32/2006/NĐ-CP có 15 loài (chiếm 1,6% tổng số loài) cần bảo vệ.
- Giá trị về dược liệu: Hòn Bà là nơi có nguồn dược liệu tự nhiên hết sức phong phú và giá trị cao: Nấm Linh chi (Ganoderma lucidum), Sa nhân (Amomum xanthioides), Dó bầu (Aquilaria crassna), Ươi (Scaphium lychnophorum), Cốt toái bổ (Drynaria fortunei)…
- Giá trị về cung cấp gỗ và lâm đặc sản: Hòn Bà có nhiều loài cây gỗ quý như: Pơ mu (Fokienia hodginsii), Hoàng đàn giả (Dacrydium pierei), Gõ đỏ (Afzelia xylocarpa), Giáng hương (Pterocarpus macrocarpus), Mun (Diospyros mun), Sơn huyết (Melannorrhoea laccifera), Sến mật (Madhuca aff. Pasquieri) , Gõ mật (Sindora cochinchinensis), … Nhiều lâm sản đặc sản khác như: Song mây, Măng le (Cephalostachyum chevalieri), Ươi (Scaphium lychnophorum),…